En las poblaciones conquistadas por los castellanos, era necesario imponer las estructuras y los símbolos del nuevo poder, y borrar o disimular en lo posible los del anterior sistema, de modo que se produjeron una serie de transformaciones, y una muy importante fue la sustitución de las mezquitas por iglesias, como medio de redefinición visual y espacial del núcleo urbano, lo que queda patente con la construcción de nuevas catedrales e iglesias mayores.
El Real Patronato de Granada, conseguido por los Reyes Católicos en 1486, supuso en España el inicio de la Iglesia de Estado que, mediante los privilegios expresados en la bula «Ortodoxa fidei» del Papa Inocencio VIII, concedía a los Reyes, entre otras cosas, la facultad de erigir y dotar convenientemente parroquias, monasterios, colegiatas, iglesias mayores y catedrales.
Motril se había entregado a partido, es decir rendido al enemigo con algunos pactos o condiciones favorables que desconocemos, al ejército castellano el 5 de diciembre de 1489 y ocupada de hecho tras las Capitulaciones de Granada de 1492. La primera guarnición militar cristiana llega en 1493, a la que le siguen, en reducido número, los primeros pobladores cristianos y se crea la vicaria de Motril, autorizándose la erección de una primera parroquia, que de acuerdo con el Cardenal de Toledo, fray Fernando de Talavera, se abre usando el edificio bendecido de la mezquita mayor musulmana que, con el nombre de parroquia de Santiago, es la primera iglesia dedicada al culto cristiano en nuestra ciudad. De esta primitiva parroquia conocemos muy pocos datos. Estaba situada en la actual calle Zapateros, tenía una torre conocida como la «Torrecilla», alminar exento que se unía a la mezquita por un puente levadizo de madera, reutilizado como campanario. Lindaba, esta parroquia, con las casas del cabildo y cárcel y por el sur con el cementerio musulmán que también había sido consagrado para enterramiento de cristianos.
Tras la sublevación de 1500 y el bautismo forzado de los mudéjares es cuando tiene lugar la primera organización parroquial de la diócesis granadina y las mezquitas, pequeñas y poco adecuadas para el culto cristiano, empiezan a ser sustituidas por nuevas construcciones de iglesias.
Es en este contexto cuando en 1502 el Papa otorga una bula de erección de un nuevo templo para Motril, siendo nombrado juez erector de ella el Cardenal Primado y Arzobispo de Toledo D. Pedro Mendoza, dotándola de los bienes habíces pertenecientes a las antiguas mezquitas musulmanas motrileñas: mezquita Mayor, mezquita al-Coruch, mezquita Arrabat y la mezquita Alçiijara y la rabita Arrofot
Pero no fue hasta el 4 de octubre de 1509 cuando el entonces vicario de Motril, Gonzalo Hernández de Herrera, recibió la orden del arzobispo de Granada, dándole poderes para comenzar las obras de construcción que se iniciaron con la colocación de la primera piedra por el citado vicario el 8 de noviembre de 1510, concluyéndose el 30 del mismo mes de 1514 y consagrándose el nuevo templo al culto en 1515.
Esta primera edificación, puesta bajo la advocación de Nuestra Señora de la Encarnación, se edificó sobre una pequeña elevación, derribándose numerosas casas mudéjares y aprovechando el solar de la mezquita Alçijara o de la Roca, que servia al arrabal del Manjón.
Este edificio únicamente constituía lo que hoy es el cuerpo principal del templo, desde el testero de poniente, actual coro, hasta el arco toral de entrada a la nave de crucero, donde cerraba con una pared de tapial. Se presentaba aislada, con sus cuatro fachadas vistas.
La planta original era de cruz latina inscrita en un rectángulo, de nave única con ocho capillas laterales entre contrafuertes, capilla mayor rectangular sobreelevada, separada por arco toral, y coro en alto a los pies; en un plan muy usual en las iglesias granadinas de esta época que entronca con los típicos modelos de arquitectura mudéjar.
La dirección de la obra estuvo a cargo del maestro alarife granadino Alonso Márquez, labrándola en forma de fortaleza, debido a que las zonas costeras del reino de Granada eran sitios de saqueo de piratas berberiscos y turcos que tuvieron atemorizados a los motrileños y en jaque a las autoridades militares hasta bien entrado el siglo XVIII, y por este motivo se edificó así la iglesia pensada en servir, además de templo, como refugio en caso de rebato, reforzando y completando la articulación del sistema defensivo costero.
En primer lugar, tras nivelar el terreno, se abrieron las zanjas para cimentar las paredes, que tuvieron un ancho de cinco ladrillos o de cinco pies. Los cimientos se hicieron con piedras procedentes de la muralla musulmana y de la antigua mezquita, sobre las que se dispusieron tongadas de ripios o piedras pequeñas, cal, arena y agua; realizándose la mezcla con tres partes de arena, dos de cal y el agua que precisará, añadiéndole después los ripios y dejándola macerar por el tiempo de un mes, para que fraguara bien antes de usarla. Con esta mezcla se fueron rellenando las zanjas hasta un nivel ligeramente inferior al nivel de tierra, manteniéndose así durante casi un año hasta su total endurecimiento.
Sobre este zócalo de piedra y mampostería, se levantó la obra de albañilería que en razones de eficacia económica y de urgencia, los muros de hicieron con rafas de ladrillo y cajón de mampostería rellenos de tapial con una anchura de cinco ladrillos, unos 110 centímetros. Las hiladas o rafas de ladrillo de las esquinas y ejes tenían 11 ladrillos de altura y 4 de anchura. Parece que la cara exterior de los muros no se enlució, mientras que su interior fue enlucido y revocado con tres capas. Primero se le dio una capa de mortero basto llamado «alhoroço», una segunda ya más fina llamada «estachado de plana» y, por último, una tercera capa de enlucido llamado «lavado de cedazo». Posteriormente se encalaría
El estilo de esta iglesia está de acuerdo y nos muestra con gran limpieza el plan gótico-mudéjar, de traza bastante austera y con la nave mayor dividida en tramos con bóveda de arista sobre arcos diafragmas, que separan cada uno de los tramos y que descansan en baquetones de capitel toscano adosados a los pilares dórico-toscanos, que se interrumpen a media altura.
Las fachadas, realizadas en ladrillo y de muy sencilla composición son especialmente sobrias, sin elementos decorativos, y en ellas sólo rompen su horizontal monotonía las sencillas ventanas y las portadas. Se accede al interior del templo a través de dos portadas. La principal abierta en el testero sur hacia la plaza mayor de la villa y la otra en el hastial oeste, a los pies de la iglesia, de algo más reducida dimensiones. Esta última tiene unos simples dobles arcos apuntados encuadrados por alfiz y que posiblemente debió tener azulejería a modo de friso. La puerta principal, un poco adelantada con respecto al resto del paramento, es también de sencillo ladrillo agramilado y está compuesta por doble arco apuntado abocinado, también enmarcado por alfiz.
No se edificó torre, aprovechándose para este uso seguramente parte del antiguo alminar de la mezquita sobre el que se construyó «una mala estructura de pilares y tabiques» para el campanario. Posteriormente en 1530 adosada en la esquina de los testeros norte y oeste, se levantaría una torre de planta cuadrada de ladrillo y cajón de mampostería, de cinco cuerpos de alzado, teniendo el quinto doble vano en cada una de sus caras para las campanas. Se cubría con tejado a cuatro aguas.
Respecto al interior del templo conocemos pocos datos. Tenía coro en alto, sin sillería, y situado a los pies de la nave principal. Lo sustentaban dos arcos ojivales que se apoyaban en un poste de manera, que seria sustituido en 1588 por una columna de jaspe. El altar mayor estaba muy en alto, llegándose a él mediante una escalera de nueve peldaños. En los laterales de la escalera había dos capillas abovedadas con sus altares de propiedad particular. El retablo era de pequeñas dimensiones, de madera dorada, de traza renacentista y coronado por la imagen negra de un crucificado llamado «Cristo de Guájar». La capilla bautismal se situaba en la última capilla del testero sur y cuyo suelo de mármol y pila bautismal de jaspe fueron realizadas posteriormente, en 1580, por el cantero Pierre Macera.
No nos olvidemos del aspecto militar de la iglesia. A mediados del siglo XVI las dos puertas estaban forradas de planchas de hierro y sobre ellas sendos matacanes para defensa de la entrada. La puerta de testero oeste estaba además defendida por un muro través, un rastrillo de hierro y foso con puente levadizo.
En las esquinas suroeste y noreste se construyeron, «a caballero», dos baluartes aspillerados diseñados por Luis Machuca y construidos por al albañil de Granada Juan Trujillo, de los cuales uno aún subsiste con el nombre de «Torre de la Vela». Toda la parte superior de la iglesia tenia parapetos, almenas y troneras.
Delante del testero sur que mira a la plaza, había un lienzo grueso de muralla a todo lo largo del edificio que cubría la puerta principal y volvía hacia la puerta oeste. Ambas puertas estaban defendidas por gruesos cubos almenados de ladrillo y mampostería. Paralelo al testero norte y separado de la pared de la iglesia unos 10 metros, corría otro lienzo de muralla con troneras y almenas que unía el baluarte de levante con la torre de las campanas. La puerta de este lienzo también se defendía con rastrillo, profundo foso y puente levadizo. En este recinto estaría la plaza de armas.
En la zona de poniente habían construido sobre 1539 un aljibe para almacenar agua en caso de asedio y una tahona para hacer pan.
Junto a la puerta de la plaza mayor, hoy plaza de España, se colocó una lapida de piedra conmemorado, en latín y letra gótica, la fecha y el arzobispo en cuya época se levantó la iglesia:
REVEREDISIMUS SAPIENTISIMUS /PRUDENTISI-
MUS ET VIRTUT / PROBATISIMI DIIS DII /SANTONICES DE RROJAS /ARCHIEPISCOPUS GRANATENSIS HOC TEMPLUM FECIT / ANNO DEI MILLE QUINGENTI X IIII
El templo construido pronto fue considerado pequeño y en el ánimo de los motrileños estaba la idea de que su iglesia debería ser ampliada y enriquecida ornamentalmente. Sería ya en el siglo XVII cuando se proyectaría la construcción de la nueva nave de crucero. Se abriría ahora otro periodo de la historia arquitectónica de nuestra Iglesia Mayor.
